Заповедник Большая Кокшага создан в 1993 году, расположен на территории Килемарского и Медведевского районов республики Марий Эл. Расстояние до него от Йошкар-Олы - 40 километров в западном направлении. Ближайшая железнодорожная станция Нолька (пос. Краснооктябрьский), пристань - город Козьмодемьянск на берегу Волги.

Первоначально, на этой территории существовал Марийский заповедник, который выгорел в жаркое сухое лето 1972 года. Только через двадцать лет решено было здесь вновь создать заповедник, но уже под другим названием. Оно происходит от чистейшей реки европейской части России, левого притока Волги - Большой Кокшаги. Именно в её бассейне и был организован государственный заповедник Большая Кокшага.

В настоящее время площадь участка составляет 21 405 га, площадь охранной зоны - 13 000 га. Территория расположена в пределах лесной зоны Русской равнины и подзоны хвойно-широколиственных лесов. Формы рельефа представляют собой речные долины и зандровые (озерно-ледниковые) равнины. Климат характерный для данной поясной зоны - умеренно-континентальный. Преобладают пасмурные дни.

На территории заповедника Большая Кокшага насчитывается 20 рек, речек и ручьев, общей протяженностью 100 километров, а также 3 озера (Шушьер, Кошеер и Капсино). Самым крупным водотоком является река с одноименным названием, долина которой пересекает центр заповедника Большая Кокшага в меридиональном направлении.

Целью создания заповедника Большая Кокшага является сохранение природы, растительных сообществ, болот, лугов, мест обитания животных и произрастания растений; выполнение основных задач по охране территории, проведении научных исследований и эколого-просветительской деятельности.